秀英区主要属于南渡江水系、五源河水系和荣山河水系，水资源丰富。流经境内的河流主要有南渡江、五源河、荣山河、美党溪、昌旺溪和那甲水、美涯水、那卜水、那合水、大潭水等。其中单独流入海洋的有南渡江、五源河、荣山河和美党溪。境内水库多属小型水库，主要有永庄水库、岭北水库、玉凤水库、保村水库、东寨水库、东城水库、那卜水库、美涯水库、北征水库、荣昆水库、用畔水库、前进水库、南村水库、昌头水库、娜姆水库、周仁水库、拜就水库等。地下水资源丰富，潜水分布广泛，含水层厚度3.3～11米，水位埋深0.4～3.6米，单位涌水量0.2～5.7升/秒.米；承压水主要为深层承压水，总厚度200～350米，可开发利用的承压含水层深埋均在400米以内，地下水可开采总量5万立方米/日。