全县水系多顺梵净山岭脉北北东向延伸。西部梵净山山脉呈南北走向，为沅江与乌江的分水岭；西北部会龙山、凉风坳、玛瑙山岭脉呈南北走向，为乌江水系甘龙河与印江河的分水岭；北部椅子山和总岭岭脉为沅江水系松桃河与秀山河的分水岭；中部从红树岭、八字坡、七星坡至凉亭坳所连成的岭脉为沅江水系松桃河与锦江河的分水岭；东部腊尔山、来龙坡岭脉为锦江的官舟河、河界营河与湖南花垣、凤凰两县河流的分水岭。全县河网密度较大，落差大，水量充沛，河长大于10千米、流域面积在20平方千米以上的河流有37条，河道总长达744.9千米，总流域面积2200平方千米。全县较大的河流有松桃河、普觉河、牛郎河、银岩河、寨英河、甘龙河等，县内山区河流具有洪水汇流快、暴涨暴落的特点。其中松桃河为县内最大河流，发源于西部冷水溪镇三阳，从西向东流经县境中部再向东北流入湖南省花垣与酉水汇合注入沅江。主干全长115千米，大小支流有20条。集雨面积1544平方千米，占全县总土地面积的45.41%，天然落差550米，全年平均流量44.39立方米/秒，最大洪峰流量2350立方米/秒，枯水期流量2.66立方米/秒。松桃河中下游为全县粮油主要生产基地。