【河流水系】 境内水源众多，水系纵横，大小河流约120条。较大河流有属昌化江水系的通什河（南圣河）、毛阳河。昌化江水系在市内的流域面积为74600公顷，占全市总面积的66.1%，此外还有保国河、牙益河、草头河等小河流。常年平均径流量13亿立方米。

通什河（南圣河）  发源于五指山市东部青春岭，向西流经南圣镇至市区，出口番阳合口，流入昌化江干流，全长61.8千米，流域面积66000公顷，沿途有支流草头河、牙益河、保国河流入。

毛阳河  发源于五指山市东部五指山脉，向西流经水满乡永训村、毛阳镇什苗村至番阳镇番阳村与昌化江干流汇合，全长36.3千米，流域面积17700公顷。

保国河  发源于什托岭南部，向北流至毛道乡入通什河，全长26千米，流域面积15800公顷。

牙益河  发源于五指山市的南部报马岭，向北经畅好乡流入通什河，干流全长24千米，流域面积12600公顷。

草头河  发源于五指山市东部番寨岭，流经南圣镇草头村入通什河，干流全长15千米，流域面积2340公顷。